สภาพที่เลวร้ายที่สุดที่โครงการควบคุมวัณโรคคิดว่าได้เกิดขึ้นก็คือ การระบาดของเชื้อไวรัส เอช ไอ วี หรือ โรคเอดส์ ในประชากรที่ได้รับเชื้อวัณโรคอยู่แล้ว เพราะโดยปกติเชื้อวัณโรคจะถูกกำจัดด้วยเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดหนึ่ง ที่มีหน้าที่สำคัญต่อระบบภูมิคุ้มกันของร่างกาย แต่ถ้าผู้รับเชื้อวัณโรคนั้นได้รับเชื้อไวรัสเอดส์เข้าไปด้วย เชื้อไวรัสเอดส์จะเข้าไปเพิ่มจำนวนในเซลล์เม็ดเลือดขาวดังกล่าว และทำลายเซลล์นั้นในที่สุด ดังนั้นเชื้อวัณโรคจึงสามารถเข้าจู่โจมร่างกายได้ง่ายขึ้น สำหรับผู้ป่วยที่ป่วยด้วยโรคเอดส์อยู่ก่อนแล้ว ก็จะมีโอกาสเป็นวัณโรคได้ถึง 30% หรือมากกว่า และทำให้เสียชีวิตได้เร็วขึ้น

พบว่าวัณโรคเป็นโรคติดเชื้อที่พบมากเป็นอันดับหนึ่งในผู้ป่วยเอดส์ หากว่าเชื้อวัณโรคที่แยกได้จากผู้ป่วยเอดส์ดื้อต่อยารักษาวัณโรคจะทำให้การรักษา และการป้องกันมีความยากลำบากมากขึ้น ผู้ป่วยมีโอกาสแพร่เชื้อให้คนใกล้ชิดและชุมชน จากเดิมที่ปัญหาวัณโรคกำลังจะทุเลาเบาบางลงก็กลับมีอุบัติการณ์เพิ่มขึ้นอีกเมื่อมีปัญหาของโรคเอดส์เข้ามาเกี่ยวข้องด้วย เมื่อวัณโรคและเอดส์ร่วมมือกันก็ทำให้เกิดปรากฏการณ์คร่าชีวิตประชากรโลกมากขึ้นซึ่งองค์การอนามัยโลกเคยพยากรณ์ไว้เมื่อ 11 ปีก่อนว่าจะมีผู้ป่วยวัณโรคตายมากถึง 36 ล้านคนเลยทีเดียว